ホテル・ビバリープラザ・マカオ

①サイトによるのでしょうが、楽天やHISではそのままバウチャーは
　返金され、追加料金は発生したことがありません。

②フェリーターミナルからバスはありますが30分おきくらいで
　リスボアやWINのように頻繁にはありません。

③日本語のわかるスタッフはフロント等には皆無でしょう。

①について、私自身プラスいくらか支払った経験はないのですが、楽天などサイトによっては、料金に税・サービス料が含まれてない場合があります。
楽天についてですと、韓国のホテルは税込みの金額ですが、中国については、表示価格に税・サービス料が含まれていなかったと思います。
ひょっとすると、サイト表示の金額（税・サ抜き）で予約し、決済後に現地で税・サービス料を支払うようになってるのではないかと思いました。
予約したサイトの表示料金と料金明細・内訳などご確認されてはいかがかと思います。
②について、公式サイトでは特に出ていませんでしたので、ネットでビバリープラザ、シャトルバスで検索したところ、同系列のメトロポール・エンペラー等循環するバスが出ています。運行間隔はわかりませんが、リスボアのすぐ近くなのでそちらに乗ってもよいかもしれません。